Чтобы удалить подложку:
Встаем на слой с подложкой. Причем, слой должен быть видимым, глазик должен быть открыт (почему-то мне не удалось удалить фигуры из скрытых слоев).
Отмечаем подложку и удаляем.
Программа переспрашивает - подтверждаем удаление.
При этом подложка удаляется, а слой, на котором она была, остается:

Можно удалить слой вместе с подложкой. Для этого вызываем форму "Управление деревом слоев", встаем на нужный слой и удаляем его. Слой удаляется вместе с нанесенными фигурами. В данном случае - вместе с подложкой.

Если подложка временно не нужна, то совсем не обязательно ее удалять. Можно скрыть ее, кликнув курсором на глазик слева от слоя:

Как видите - все просто.
